Использование обычных водопроводных труб с соответствующей запорной арматурой, а не дорогостоящих медных, как во фреоновых коммуникациях. К тому же отрегулировать и сбалансировать подобную систему гораздо проще и дешевле, чем газовую.
Для единственного чиллера в системе требуется минимальная площадь и объём, Поэтому остаётся неизменным вид фасада здания, его не портят внешние блоки кондиционеров.

Система характеризуется очень большой гибкостью и масштабируемостью. Число фанкойлов в системе может быть установлено от одного десятка до нескольких сотен. Оно ограничивается только мощностью холодильного агрегата.
Большая экологичность и безопасность, чем у сплит-систем. Утечку жидкости проще обнаружить, и она не так опасна для здоровья, как фреон. Чиллер, содержащий газовый хладагент, обычно устанавливают вне помещения .
Благодаря тому, что можно управлять климатическими параметрами каждого из фанкойлов, имеется возможность создать независимый микроклимат в любом из помещений.
При подсоединении котла к трубопроводному контуру системы, можно обойтись без батарей.

Как и любое другое оборудование, система чиллер-фанкойл имеет определённые недостатки. В основном они обусловлены её конструкционными особенностями. К минусам системы относятся:
Более низкая энергоэффективность, чем у фреоновых систем. Вода в качестве теплоносителя требует большего расхода электричества.
Из-за большого объёма воды в накопительном баке система имеет большую инерционность, медленнее выходит на эффективный тепловой режим.
Из-за более низкой эффективности теплопередачи, по сравнению с фреоновыми системами, производительность фанкойлов примерно в два раза меньше, чем у аналогичных по размерам внутренних блоков сплит-систем.